Новым генеральным директором был назначен Кирилл Фастовский, занимавший в ЦСКА пост спортивного директора. Ситуация с расколом дошла до конечной фазы, и существование двух «армейских» команд в двух лигах уже не было выгодно никому. В середине марта 2002 года, сразу же после окончания сезона в Суперлиге, президент ФК ЦСКА Евгений Гинер выкупил у «ЦСКА-Холдинга» акции ПХК ЦСКА. ЦСКА сохранил прописку в Суперлиге, а «большой» ЦСКА с лёгким сердцем передал право использования своего бренда одной единственной команде.
Резервный комплект — в чёрном, с пятью тёмно-серыми вертикальными полосками[243]. В июне 2012 ЦСКА объявил о подписании контракта с новым техническим спонсором компанией Adidas. По словам главы банка Игоря Шувалова, ВЭБ надеется найти для ЦСКА новых инвесторов.[235] 22 апреля 2020 года банк в рамках завершения конвертации долга клуба приобрёл 77,63 % его акций за 18 млрд руб. Управление клубом осталось за Евгением Гинером[238][239]. 8 июля президент ЦСКА Евгений Гинер объявил об уходе в конце сезона главного тренера армейцев Валерия Газзаева[166].
В межсезонье команду покинул Владимир Поликарпов, перешедший в футбольный клуб ГСВГ. За 12 лет в ЦСКА Поликарпов провёл 342 матча, в которых забил 76 мячей. Из московского «Локомотива» в команду перешёл нападающий Юрий Чесноков.
В 2010 году руководство клуба официально закрепило за болельщиками номер 12[287]. Теперь на всех домашних матчах диктор объявляет болельщиков наравне с командой. В 2010 году бюджет ЦСКА по сравнению с предыдущим годом был увеличен и составил 64 млн долларов, причём акционеры клуба ЦСКА ожидали получение профицита по итогам сезона, который должен был составить 168 тысяч долларов[263]. Все старые спортивные общества были закрыты или расформированы, а на их основе были образованы ведомственные команды.
Булганин подписал приказ о воссоздании футбольных команд при окружных домах офицеров, в том числе и ЦДСА. Старшим тренером команды был назначен Григорий Пинаичев, помощники — Константин Лясковский и Григорий Федотов. С набором состава были некоторые проблемы — многие из звёзд «команды лейтенантов» уже либо закончили карьеру, либо находились в солидном для футболистов возрасте.
В тот год прошёл Чемпионат Европы, и ЦСКА в сборной России представляли Бушманов, Радимов и Хохлов. Также один товарищеский матч за сборную сыграл Минько[96]. Вместо неё было создано первенство из 8 ведомственных команд, которое в газетах того времени называли «вновь созданная лига при обществе „Динамо”».
В дубль «Спартака» ушёл вратарь Михаил Ерёмин, Сергей Савченко перешёл в клуб «Заря» Бельцы. Пополнилась команда защитниками Андреем Мохом вернувшимся из львовского СКА и Валерием Глушаковым перешедшим из команды СКА Ростов. Сезон команда провела успешно, но поражение в концовке чемпионата от «Ростсельмаша» не позволило ЦСКА продвинуться в высшую лигу. В итоге ЦСКА занял 3 место, отстав от ближайшего соперника «Ротора» на 1 очко. В 1946 году для участия в первом чемпионате СССР Министерством обороны была создана команда уже по хоккею с шайбой. Основной костяк команды составляли игроки, выступающие за футбольную и бэндийную команду ЦДКА.
В межсезонье из-за финансовых проблем команду Тихонова покинули почти все ведущие игроки, усилился клуб разве только Старостенко и Покотило. В конце тысячелетия команда стала играть в форме с красно-синими вертикальными полосками и синими трусами. Гостевая форма стала полностью белой, позднее с одной красно-синей вертикальной полосой по центру или левой стороне футболки. В этой форме армейцы выступали вплоть до 2003 года включительно. В следующем сезоне в клубе появилась новая форма — красная футболка и тёмно-синие трусы, которая сохранилась до сих пор.
Впервые в клубной истории ЦСКА вылетел в первую лигу[70]. Родословная армейского клуба берёт начало ещё со времён начала XX века, когда группа спортсменов-лыжников покинула «Московский клуб лыжников» (МКЛ) и организовала своё сообщество. 13 (26) июня 1911 года (заместителем внутренних дел?) князем Оболенским утверждён устав «Общества любителей лыжного спорта» (ОЛЛС). Кроме лыж в ОЛЛС развивали бокс, лёгкую атлетику, конькобежный спорт, футбол.
В рамках спонсорской поддержки на один из самолётов «Аэрофлота» Sukhoi Superjet 100 (RA-89010) добавлена символика футбольного клуба[274]. 24 июля 2009 года у ЦСКА появился новый титульный спонсор. Им стала крупнейшая российская авиакомпания — «Аэрофлот — Российские авиалинии». В футболках с символикой нового спонсора армейцы впервые сыграли в воскресном дерби со «Спартаком»[270].
В конце декабря 2008 года команда обзавелась официальным символом — конём. Таким образом, ЦСКА стал первым клубом в России, у которого появился свой персонаж[183][184]. В чемпионате 1968 года армейцам удалось занять 4-е место[49]. 1 июня 1977 года во главе ЦСКА встал Виктор Тихонов, тренировавший ранее рижское «Динамо», а до того работавший вторым тренером московского «Динамо».
В первой половине чемпионата ЦСКА выступал уверенно, заняв после первого круга второе место, однако во второй половине армейцы растеряли своё преимущество и заняли лишь шестую строчку в итоговой турнирной таблице. После неудачного сезона Бобров подал в отставку, пост главного тренера вновь занял Валентин Николаев[50][51]. В апреле 2004 года главным тренером ЦСКА стал легенда армейского клуба Вячеслав Быков, работавший до этого ассистентом главного тренера ХК «Фрибур» (главный тренер — Евгений Попихин). Быков всячески пытался раскачать команду, привить ей психологию победителя. По ходу чемпионата, в связи с локаутом в Национальной хоккейной лиге, армейцы укрепились выдающимися мастерами — Александром Фроловым, Николаем Жердевым, Олегом Сапрыкиным. Кадровые коррективы, вносимые в команду Вячеславом Аркадьевичем, положительных итогов ЦСКА не принесли.
Тихонова на посту главного тренера сменил рулевой ЦСКА-2 Александр Волчков, вторым тренером был назначен начальник СДЮШОР ЦСКА Сергей Гимаев, начальником команды стал Главный тренер Вооружённых сил МО РФ Виктор Жлуктов. Главными фаворитами четвёртого чемпионата считался звёздный ВВС, в который перебрался игрок ЦДКА Всеволод Бобров. Однако авиакатастрофа, которая произошла 7 января 1950 года возле Свердловска, унесла из жизни 11 игроков этого клуба, летевших на матч чемпионата.
Список футболистов, сыгравших 100 и более матчей за клуб. Перед последним сезоном в первой лиге состав ЦСКА практически не изменился. Михаил Ерёмин вернулся из московского «Спартака», из «Ротора» приехал нападающий Олег Сергеев. Чемпионат армейцы завершили на первом месте, одержав 27 побед из них 18 крупных и забив 113 голов. Лучшим бомбардиром первенства стал нападающий ЦСКА Валерий Масалитин[75].
Кириллу Глебову 19 лет, в системе ЦСКА он находится с 2020 года. В нынешнем сезоне Кирилл провёл 10 матчей во всех турнирах и забил один гол. Действующий контракт футболиста с ЦСКА рассчитан до лета 2017 года и имеет опцию продления ещё на 12 месяцев. Авторитетный интернет-портал Transfermarkt оценивает рыночную стоимость Глебова в € 750 тыс. Перед сезоном 1992 года команду покинул ряд опытных футболистов.